Le rat (Rattus norvegicus) est le troisième mammifère dont le séquençage du génome a été entrepris (juste après celui de la souris2 et de l'Humain, et avant celui du chien) ; La souche choisie pour le séquençage a été une souche « BN rat » (BN/SsNHsd) provenant du Medical College of Wisconsin (en) (MCW) à partir d'une lignée « Harlan Sprague Dawley » et la plus grande partie du génome analysé provient de deux femelles, sauf quelques éléments et le séquençage du chromosome Y provenant d'un mâle3. Le génome du rat (ADN double brin linéaire, d'environ 2,75 milliards de paires de bases) est plus petit que celui de l'humain (2,9 milliards), mais plus grand que celui de la souris (2,6 milliards) avec lesquels il partage un certain nombre de gènes3. Ce génome comprend environ 2,7 milliards de paires de bases organisées en 21 chromosomes. En 2004, il était séquencé à 90 %, permettant de supposer qu'environ 90 % des gènes du rat sont partagés avec l'Homme. Ce travail s'est fait avec l'aide du National Human Genome Research Institute (NHGRI)3. De plus, selon le consortium qui étudie ce génome, Rat Genome Sequencing project Consortium4, tous les gènes humains connus pour être associés à des maladies ont des équivalents dans le génome du rat5,3. Selon ce consortium, malgré un génome de taille différente, « le génomes du rat, de la souris et celui du génome humain codent le même nombre de gènes. La majorité ont persisté sans délétion ni duplication depuis le dernier ancêtre commun ; Les structures introniques sont bien conservées »